اتهام دیگر آژانس بر ایران، عدم ارسال گزارش کامل این کشور از فعالیت‌های هسته‌ای خود است. از نظر دولت ایران، هر آنچه که ایران در این زمینه در اختیار داشت به آژانس ارائه کرد. آژانس از ایران اطلاعاتی می‌خواهد که خود نمی‌داند این اطلاعات چیست. بر این اساسا آژانس ایران را متهم به ‌پنهان‌کاری چیزی می‌کند که اساسا وجود ندارد. ‌بنابرین‏ در آنجا چیرگی اهداف سیاسی بر استدلال‌های حقوقی ظاهر می‌گردد.

احداث مجتمع آب سنگین اراک از دیگر مواردی است که نشانه سوءنیت ایران در فعالیت‌های هسته‌ای تلقی شده است. هر چند امکان انحراف در پروژه آب سنگین وجود دارد ولی اولا ایران با انعقاد توافق نامه‌ای با آژانس چگونگی بازدید مستمر آژانس از این مجتمع را مشخص ‌کرده‌است؛ ثانیاً در هیچ سند هسته‌ای تأسیس چنین مجتمعی ممنوع یا با قید و شرط بیان نشده است و ثالثا پروژه آب سنگین استفاده های مختلفی دارد که کاربرد آن در پروژه هسته‌ای یکی از موارد است.
ایران همچنین در واکنش به اتهامات آژانس، همواره بر صلح آمیز بودن فعالیت‌های هسته‌ای خود تأکید نموده است. در این زمینه به معاهدات و قطعنامه‌هایی که حق استفاده صلح جویانه از انرژی هسته‌ای را مورد توجه قرار داده‌اند، از جمله قطعنامه ۳۶. ۲۷ مجمع عمومی سال ۱۹۸۱، قطعنامه ۴۷۸ شورای امنیت سال ۱۹۸۱، اساسنامه آژانس بین‌المللی انرژی هسته‌ای که طبق ماده ۳، تحقیق درباره انرژی هسته‌ای و توسعه و استفاده عملی از آن برای مقاصد غیرنظامی را در سراسر جهان تشویق نموده است. ماده ۱۱ اساسنامه، که به کمک آژانس جهت تامین مواد شکاف پذیر خاص و خدمات و تجهیزات برای اعضایی که خواهان تحقیق و استفاده عملی از انرژی هسته‌ای برای مقاصد غیرنظامی هستند، اشاره ‌کرده‌است. همچنین ماده ۴ معاهده ان.پی.تی که استفاده صلح آمیز از انرژی هسته‌ای را برای اعضای خود پذیرفته است، اشاره ‌کرده‌است.
از طرفی طبق حقوق بین‌الملل عرفی و قراردادی و با توجه به اصول متعددی مانند اصل حاکمیت، اصل حق توسعه ^[۷۲]و اصل عدم مداخله^[۷۳] در امور داخلی کشورها که صریحاً در ماده ۲ بند ۷ منشور ملل متحد آمده است، برخورداری از فناوری صلح آمیز هسته‌ای حق کشورها و بخشی از اعمال حاکمیت ملی آن محسوب می‌گردد.

البته از منظر حقوقی، ایران نیز طبق اصول متعددی چون اصل وفای به عهد^[۷۴] و اصل نیت^[۷۵] موظف به همکاری با آژانس و خودداری از تبدیل مقاصد صلح آمیز به مقاصد نظامی انرژی هسته‌ای می‌باشد که تاکنون در همکاری با آژانس و اعطای اجازه بازرسی به بازرسان کوتاه نکرده است. از طرف دیگر، با توجه به همکاری ایران با آژانس و وجود اصولی چون حل و فصل مسالمت آمیز اختلافات و اصل عدم توسل به زور، آیا استفاده از وسایل قهرآمیز در پرونده ایران و ارجاع آن به شورای امنیت با این عنوان که برنامه هسته‌ای آن تهدیدی علیه صلح بین‌المللی است از نظر حقوق بین‌الملل قابل قبول است؟ برای پاسخ ‌به این سوال ابتدا مبانی قانونی ارجاع پرونده هسته‌ای یک کشور توسط آژانس به شورای امنیت ‌بر اساس مقررات بین‌المللی مربوطه بررسی می‌گردد و سپس مبنای حقوقی ارجاع پرونده ایران به شورای امنیت مورد بررسی قرار خواهد گرفت.
۲)مبانی قانونی رابطه آژانس و جایگاه حقوقی ارجاع پرونده ایران به شورای امنیت
شورای امنیت و آژانس بین‌المللی انرژی هسته‌ای به دلیل برخی نقاط اشتراک در ایفای وظایف سازمانی مرتبط با خلع سلاح هسته‌ای رابطه متقابلی با یکدیگر دارند. از یک طرف شورای امنیت، در مواردی به عنوان تضمین کننده تصمیمات آژانس وارد عرصه شده است و از طرف دیگر، آژانس در حقیقت به عنوان رکن فرعی شورای امنیت در تضمین صلح و امنیت بین‌الملل فعال بوده است. این رابطه بین دو نهاد در اسناد بین‌المللی به ویژه اساسنامه آژانس متبلور است. اساسنامه آژانس دو مبنا را جهت رابطه آژانس با شورای امنیت مطرح ‌کرده‌است.

اولا به موجب ماده ۳ پاراگراف ۴ اساسنامه، چنانچه آژانس در ارتباط با فعالیت‌هایش با مسایلی رو به رو گردد که در صلاحیت شورای امنیت باشد باید شورای مذبور را به عنوان رکن مسئول حفظ صلح و امنیت بین‌الملل از آن مطلع سازد. ثانیاً به موجب ماده ۱۲ (بند ج) اساسنامه، چنانچه در جریان بازرسی ها، بازرسان دریابند که فعالیت هسته‌ای یک دولت عضو به منظور اهداف نظامی انجام شده باید هر گونه عدم پایبندی را به دولت‌های عضو، شورای امنیت و مجمع عمومی گزارش کنند. چرا که طبق ماده ۴ اساسنامه آژانس که درباره تعهدات اعضای آژانس است آمده است آژانس باید هر گونه عدم پایبندی اعضا را طبق ماده ۱۲ اساسنامه به شورای امنیت گزارش کند.
علاوه بر مقررات مطرح در اساسنامه آژانس در زمینه ارجاع موضوعات توسط آژانس به شورای امنیت، ماده ۱۹ موافقت نامه پادمان ایران و آژانس نیز اشاره بر این دارد که در صورت ناتوانی شورای حکام آژانس در راستی آزمایی فعالیت‌های هسته‌ای ایران و تأیید این نکته که هیچ انحرافی از مواد هسته‌ای به سمت تولید سلاح هسته‌ای وجود نداشته، شورای حکام آژانس می‌تواند گزارش‌هایی را طبق ماده ۱۲ اساسنامه به شورای امنیت، مجمع عمومی و دیگر اعضا ارسال نماید.^[۷۶]

اکنون این سوال مطرح است که موضوع پرونده هسته‌ای ایران در قالب کدام یک از موارد فوق (گزارش عدم پایبندی نسبت به پادمان، گزارش عدم توانایی در راستی آزمایی توسط آژانس یا به خطر افتادن صلح و امنیت بین‌المللی) به شورای امنیت گزارش شده است؟
شورای حکام در قطعنامه ۴ فوریه ۲۰۰۶ از البرادعی، دبیرکل آژانس خواست تا اقدامات لازم را جهت ارجاع پرونده ایران به شورای امنیت مبذول نماید. همچنین در بند ۸ قطعنامه مذکور، شورای حکام از مدیرکل آژانس درخواست کرد که تمام قطعنامه‌های صادر شده به همراه گزارشی از اجرای مفاد قطعنامه‌ها توسط ایران را به شورای امنیت ارسال نماید.