۳-۱-۹ وسایل و تجهیزات آزمایشگاهی
در انجام این پایان نامه از وسایل و تجهیزات زیر استفاده شد :
سمپلر در سایزهای مختلف
نوک سمپلر آبی ، زرد ، کریستالی
میکروتیوب های ۲/۰ ، ۵/۰ و ۵/۱
پلیت یکبار مصرف ۱۰ سانتیمتری
لوله ی آزمایش ۱۶۰*۱۶ سیماکس
اتوکلاو جهت ضدعفونی کردن وسایل پلاستیکی و محیط کشت ها
دستگاه فور جهت ضدعفونی کردن وسایل شیشه ای
انکوباتور ساخت شرکت پارس طب نوین (شکل ۳-۱)
شکل ۳-۱٫ انکوباتور
شیکرانکوباتور (شکل ۳-۲)
شکل ۳-۲٫ شیکر انکوباتور
تانک الکتروفورز افقی
تانک الکتروفورز (SDS-page)
دستگاه مولد ولتاژ (شکل ۳-۳)
شکل ۳-۳٫ تانک الکتروفورز و دستگاه مولد ولتاژ
گرماساز^[۳۸]
سانتریفیوژ ساخت شرکت اپندورف^[۳۹] آلمان (شکل ۳-۴)
شکل ۳-۴٫ سانتریفیوژ اپندورف آلمان
بن ماری ساخت شرکت بهداد (شکل ۵-۳)
شکل ۵-۳٫ بن ماری
انکوباتور ۱۶ درجه (شکل ۳-۶)
شکل ۳-۶٫ انکوباتور
دستگاه تصویر ساز ژل (شکل ۳-۷)
شکل ۳-۷٫ دستگاه تصویر ساز ژل
۳-۲ آنالیز بیوانفورماتیکی پروتئین CD166
۳-۲-۱ آنالیز بیوانفورماتیکی
توالی موردنظر برای ژن موردنظر از طریق سایت های Swiss-port / Uniport KB و مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI)^[40] بدست آورده شد.

(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))

سپس در انتهای ۳ توالی ، ۶ اسید آمینه ی هیستیدین (His-Tag) قرار داده شد و کدون پایان (TAA) هم بعد از آن قرار گرفت. در انتها نیز جایگاه های برش آنزیمی برای آنزیم های محدود کننده Ncol و BamHI در سر ۵ توالی و جایگاه برش آنزیمی برای آنزیم محدود کننده Xhol در سر ۳ توالی قرار داده شد.
۳-۲ بهینه سازی توالی یا Optimization
چون مولتی توپ طراحی شده فاقد هر گونه گیلکولیزاسیون بود ، میزان پروکاریوتی E.Coli برای فرایند کلونینگ انتخاب شد. به منظور دسترسی به بیشترین میزان بیان صحیح در میزبان پروکاریوتی توالی ۴۲۲ نوکلئوتیدی کایمر طراحی شده توسط شرکت Genscript ایالات متحده آمریکا بهینه سازی شد.
پارامترهایی که توسط این شرکت برای فرایند بهینه سازی در نظر گرفته شد ، شامل موارد زیر می شود :
Codon usage میزبان
محتوای CG
ساختار دوم mRNA پیش بینی شده
از بین بردن نواحی برش ناخواسته
جایگاه های آنزیمی آنزیم های محدودالاثر که ممکن است در فرایند کلونینگ اختلال ایجاد کنند.
به حداقل رساندن نواحی تکرار شونده مستقیم یا غیرمستقیم
۳-۳ سنتز شیمیایی DNA موردنظر نوترکیب
۳-۳-۱ سنتز شیمیایی ژن نوترکیب
توالی ژن موردنظر توسط شرکت Biomatik کانادا بصورت شیمیایی سنتز شد و درون وکتور pBSK قرار داده شد.
۳-۳-۲ پایداری و شرایط نگهداری DNA سنتز شده
DNA لیوفیلیزه شده می تواند توسط بافر TE استریل یا آب بدون نوکلئاز در PH طبیعی با توجه به امکانات محیط آزمایشگاه بصورت محلول دربیاید. بعد از محلول سازی می توان آن را در دمای بین ۲۰ تا ۸۰ درجه سانتی گراد برای مدت طولانی نگهداری کرد. DNA لیوفیلیزه شده ، محلول شده به کمک بافر TE می تواند به مدت ۶ ماه در دمای ۴ درجه سانتیگراد نگهداری شود در حالی که اگر از آب برای محلول سازی استفاده شود امکان نگهداری در ۴ درجه سانتیگراد وجود ندارد.
۳-۳-۳ محلول سازی DNA لیوفیلیزه